Z art. 112b ust. 2 ustawy o Vat wynika jednak, że w niektórych przypadkach dodatkowe zobowiązanie podatkowe jest ustalane w niższej wysokości. Może być wymierzone w wysokości 20% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego albo kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe. Jest tak, jeżeli po zakończeniu kontroli podatkowej albo w trakcie prowadzonego postępowania kontrolnego podatnik:
1) złożył korektę deklaracji uwzględniającą wszystkie stwierdzone nieprawidłowości i wpłacił kwotę zobowiązania podatkowego lub zwrócił nienależną kwotę zwrotu albo
2) złożył deklarację podatkową i wpłacił kwotę zobowiązania podatkowego.
Powyższej sankcji fiskus nie będzie jednak stosował w określonych przypadkach, tj.:
1) jeżeli przed dniem wszczęcia kontroli podatkowej przez naczelnika urzędu skarbowego lub postępowania kontrolnego przez organ kontroli skarbowej podatnik dokonał odpowiedniej zmiany deklaracji podatkowej oraz wpłacił do urzędu skarbowego kwotę wynikającą ze zmiany deklaracji podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę;
2) w zakresie ustalania dodatkowego zobowiązania, w przypadku gdy zaniżenie kwoty zobowiązania podatkowego lub zawyżenie kwoty zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy, wiąże się z:
a) popełnionymi w deklaracji błędami rachunkowymi lub oczywistymi pomyłkami,
b) nieujęciem podatku należnego lub podatku naliczonego w rozliczeniu za dany okres rozliczeniowy, a podatek należny lub podatek naliczony został ujęty w poprzednich okresach rozliczeniowych lub w okresach następnych po właściwym okresie rozliczeniowym, jeżeli nastąpiło to przed dniem wszczęcia kontroli przez naczelnika urzędu skarbowego lub postępowania kontrolnego przez organ kontroli skarbowej;
3) w zakresie ustalenia dodatkowego zobowiązania w stosunku do osób fizycznych, które za ten sam czyn ponoszą odpowiedzialność za wykroczenie skarbowe albo za przestępstwo skarbowe.